أ– هو الهيئة الإدارية العليا في الاتحاد بصفته يضم ممثلي مجموع الأطباء المسجلين في جداول النقابات والهيئات الطبية الأعضاء في الاتحاد، وله حق رسم سياسته وتوجيه نشاطه، واتخاذ القرارات الكفيلة بتحقيق أهدافه , ويكون انعقاده مرة سنويا على هامش المؤتمر العلمى السنوى بدعوة من أمين عام الاتحاد.
ب– يتكون المجلس الأعلى للاتحاد من رئيس المجلس الأعلى والأمين العام وأمين الصندوق وأعضاء الأمانة العامة وممثل لكل قطر عربي عضو عامل في الاتحاد تعينه النقابة أو الهيئة الطبية القائمة في ذلك القطر (من الأعضاء العاملين).
ج– يرأس المجلس الأعلى رئيسه المنتخب لدورة الانعقاد (دورة رئاسية) وفى حالة غيابه تكون الرئاسة لأكبر الحاضرين سنًّا.
د– مع مراعاة أحكام المادة الرابعة عشرة يكون اجتماع المجلس قانونيًّا بحضور الأغلبية المطلقة، وتتخذ القرارات بالأغلبية النسبية للأعضاء الحاضرين، وإذا تساوت الأصوات يرجح الجانب الذي فيه رئيس المجلس.
هـ- يختص رئيس المجلس الأعلى بالآتي:
1- رئاسة المجلس الأعلى للاتحاد طوال فترة دورة رئاسية (تبدأ من انتخابه في نهاية اجتماع مجلس أعلى وتنتهي بنهاية اجتماع المجلس المنعقد بعد سنتين وبانتخاب رئيس جديد).
2- السعي لتوثيق العلاقات مع المنظمات الصحية العربية والدولية لصالح الاتحاد.
3- دراسة ومتابعة الأوضاع العربية الراهنة تمهيدًا لعرضها على المجلس الأعلى إذا اقتضت الضرورة لاتخاذ ما يلزم من إجراءات في هذا الصدد.
صلاحيــات المجلـس الأعلى
1- يختص المجلس الأعلى بالصلاحيات التالية:
أ- انتخاب رئيس المجلس الأعلى والأمين العام وأعضاء الأمانة العامة وتعيين أمين الصندوق.
ب- إعداد مشروع تعديل القانون الأساسي للاتحاد أو لائحته وفقًا لأحكام المادة الرابعة عشرة من هذا القانون بناءً على اقتراح من الأمانة العامة.
ج– اعتماد التقرير السنوى لأنشطة الاتحاد والذى يعرضة الأمين العام
د- اعتماد موازنة الاتحاد، والمصادقة على ميزانيتة ، وتحديد قيمة اشتراك الدول الأعضاء والذى يعرضه أمين الصندوق.
ه- إقرار قبول طلبات العضوية، وإقرار تجميد العضوية وفق أحكام القانون الأساسي والنظام الداخلي.
و– تحديد موضوعات ومكان وموعد انعقاد المؤتمرات الطبية العربية السنوية.
ز– دراسة توصيات المؤتمر الطبي العربي السنوي واتخاذ القرارات المناسبة بشأنها.
ح– اعتماد ورسم خطة العمل لمشاريع وأنشطة الاتحاد.
ط– تشكيل اللجان الفنية المتخصصة.
ي– تشكيل اللجان التنفيذية (لجان النشاط).
ك– انتخاب رئيس المجلس الأعلى لفترة مدتها سنتين تنتهي بانتخاب رئيس جديد في نهاية اجتماع المجلس الأعلى المنعقد بعد نهاية هذه المدة، وتكون رئاسة المجلس الأعلى دورية بين الدول الأعضاء العاملين.
ل- يُرشح رئيس المجلس الأعلى من قبل مجلس نقابته أو هيئته الطبية أو من أحد أعضاء الأمانة العامة وذلك قبل موعد الانتخاب بأسبوعين على الأقل، وترسل التزكيات لمقر الأمانة العامة باسم السيد الدكتور / الأمين العام للاتحاد، ولا يجوز لنقابته أو هيئته الطبية سحب عضويته بعد انتخابه، ويشترط أن يكون المرشح قد مضى على تخرجه كطبيب مدة خمسة عشر عامًا على الأقل.