1 – هي الهيئة التنفيذية للاتحاد، وتتولى تنفيذ ومتابعة قرارات وتوصيات المجلس الأعلى والمؤتمر العام.
2 – تتكون الأمانة العامة من: (الأمين العام – أمين الصندوق – أمين عام مساعد عن كل قطر عضو عامل في الاتحاد).
3- تكون مدة العضوية لكافة أعضاء الأمانة العامة خمسة سنوات للفترة الواحدة ولفترتين متتاليتين فقط لذات العضو، ويطبق النص على جميع الأعضاء الحاليين اعتبارًا من بداية أول مدة لهم.
4– المرشح لمنصب الأمين العام يكون من المقيمين في بلد المقر على أن يكون قد مضى على تخرجه كطبيب مدة عشــــر سنـوات على الأقل ، وبعد انتخابه لا يجوز لنقابته أو هيئته الطبية سحب عضويته ويكون ترشيحة من أيٍ من أعضاء المجلس الأعلى.
5– يتم تسمية الأمين العام المساعد من قِبَل ممثلي القطر (العضو العامل) الذي ينتمي إليه ، على أن يكون المسمى قد أمضى على تخرجه كطبيب مدة خمس سنوات على الأقل، وبعد اعتماده من المجلس الأعلى لا يجوز لنقابته أو هيئته الطبية سحب عضويته من الأمانه العامة.
6– يسقط المجلس الأعلى عضوية الأمين العام المساعد إذا تغيب عن حضور ثلاث جلسات متتالية دون عذر مقبول.
7- إذا خلى منصب أحد الأمناء المساعدين بسبب الاستقالة أو الوفاه يحصر حق الترشيح «لمن يحل محله لإكمال الدورة» للهيئة التي ينتمي إليها أو الأمانه العامه ويصدر المجلس الأعلى قرارًا بذلك في أول اجتماع لاحق.
8- إذا خلى منصب الأمين العام بسبب استقاله أو وفاته يكلف رئيس المؤتمر العام احد أعضاء الأمانة العامة للقيام بعملة لحين دعوة المجلس الاعلى لانتخاب أمين عام جديد.
9– تجتمع الأمانة العامة بعد انتخابها من المجلس الأعلى لتوزيع المهام المختلفة للأمانة العامة على الأمناء العامين المساعدين.
10– يتم النصاب القانوني لاجتماعات الأمانة العامة بحضور الأغلبية المطلقة من الأعضاء وتتخذ القرارات بالأغلبية العددية للأعضاء الحاضرين، وإذا تساوت الأصوات يرجح الجانب الذي فيه الأمين العام.
11– تجتمع الأمانة العامة مرتين في العام على الأقل في مقر الاتحاد أو في أي مكان آخر يقرره الأمين العام، ويحق للأمين العام بعد التشاور مع أربعة أعضاء من الأمانة العامة توجيه الدعوة لاجتماعات طارئة، كما يحق لتسعة من أعضاء الأمانة العامة طلب عقد اجتماع طارئ وعلى الأمين العام في هذه الحالة توجيه الدعوة إلى الاجتماع الطارئ في المكان والزمان المحددين في الطلب.
12- يشكل الأمين العام مكتب تنفيذي من ثلاثة إلى خمسة أطباء معه لمعاونته في العمل التنفيذي.
صلاحيات الأمانة العامة
تحدد صلاحيات الأمانة العامة بما يلي:
أ– تنفيذ ومتابعة قرارات وتوصيات المجلس الأعلى.
ب– وضع مشروع موازنة الاتحاد.
ج– المشاركة مع البلد المضيف للمؤتمر الطبي السنوي في تحضير وتنظيم أعماله.
د – إعداد التقارير عن أعمال الاتحاد للمجلس الأعلى، وتقديم الاقتراحات المتعلقة بمختلف أوجه النشاط وأنظمته.
ه – الإشراف على نشاطات اللجان الفنية التخصصية.
و – الإشراف على نشاطات اللجان التنفيذية.
ز – النظر في طلبات الانتساب لعضوية الاتحاد ورفع التوصيات بشأنها إلى المجلس الأعلى.
ح – الأمين العام هو الممثل القانوني للاتحاد أمام الغير، ويجوز له أن يفوض من ينوب عنه من الأمناء المساعدين أو غيرهم حسب طبيعة المهمة.
ط – يختص أمين الصندوق بحفظ أموال الاتحاد والإشراف على ميزانيته ومراقبة الإنفاق وفق قرارات الأمانة العامة، ويعينه المجلس الأعلى بناءً على ترشيح من الأمين العام.
ذ- رفع أى خلاف يحتاج لتحكيم أو قرار الى رئيس مجلس الحكماء للبت فيه.